我们回顾过去，研究历史，是需要标志性事件作为节点的。一个王朝，首都陷落，元首身亡，无论从哪个角度来看，都算是亡国。在甲申之变后，明朝确确实实是结束了。南明只能算是明朝的回响与余绪。冠以一个专有的名称“南明”，比把它当做明朝的一部分，要更合适。
在学术处理上，也更方便。因为后世的研究者对这个时期要处理的课题完全不一样了，再把它硬算进来，没必要，还反而碍手碍脚。
有的答案提到了北元。比起甲申之变，元廷只是被朱元璋驱赶出首都而已，元首还活得好端端的呢，但历史学家也把那一年定为元朝灭亡的标志，而把流亡大漠的后来几代元廷称为北元。这已经足够说明问题了。
我还想说一点：是不是应该进行这样的处理，其实更重要的是看历史后来的发展。如果满清没能在北京站稳脚跟，被南明打回去赶跑了，那在历史学家的主观划分里，明朝肯定不会在甲申年告终，崇祯的上吊和北京的陷落，也可以算做一个插曲，而不是标志性的事件。
再举一个例子。清朝庚子事变，光绪和慈禧跑出北京，一路西狩。要是这事就这么发展下去，他们再也没回来，那日后的历史学家一定会把这一年定为清朝灭亡的日子，不管你皇帝和太后是不是还活着，也许会给他们流亡西北以后的那一段命名为西清什么的。
问题是，历史没有那样发展。皇帝和太后回来了。那么这一事件虽然重大之极，也让清朝大伤元气，但它还是不具备宣告一个王朝结束的标志性意义。
这就是历史。历史不是过去的事情的总和，历史是人们对过去的事情的认识和理解。
